Павел Йозеф Шафарик народився 13 травня 1795 в с. Кобелярово, Королівство Угорщина, нині Словаччина. В 1814 Шафарик закінчив євангелістський ліцей у Кежмарку. В тому ж році вийшла друком його перша збірка віршів – «Татранська муза зі слов'янською лірою». Продовжив навчання в Єнському університеті, проте не закінчивши курсу, залишив навчання. В цей період писав багато віршів,  які зробили його відомим у Словаччині та Чехії.

Працював з 1817 вихователем в Братиславів родині Гашпара Кубіні. З 1819 –директор гімназії у місті Новий Сад, де викладав математику, фізику, логіку, поезію, класичну літературу. У 1823 разом з Янном Колларом видав зібрання народних словацьких пісень. У 1826 написав працю «Історія слов'янських мов і літератур для всіх говірок». Це перша спроба створення історії літератури і мов слов'янських народів.

В 1833 Шафарик переїхав до Праги, де працював редактором  «ЧасописуЧеського музею», ж.«Свєтозор». Понад 10 років працювавцензором книг, був позаштатнимпрофесоромслов'янської філологіїКарлового університету в Празі, а з 1841 став хранителем бібліотекиКарлового університету, а з 1848 – її директором.У 1848 виступив одним з організаторів Слов'янського з'їзду в Празі, у якому взяли участь представники українських організацій Галичини. Був основоположником багатьох галузей славістики.

Досліджував етногенез слов'янських народів, їхні мови, фольклор та історію. До головних наукових праць Шафарика належать: «Історія слов'янської мови та літератури за всіма наріччями» (1826), «Про походження слов'ян» (1828), «Слов'янські старожитності» (1836–1837), «Слов’янський народопис» (1842) та ін. Шафарик був одним з перших європейських учених, який науково визначив територію та етнічні українські межі, обгрунтував самостійність української мови та зробив систематичний огляд української літератури.

Помер Шафарик 26 липня 1861, похований у Празі.