Вільям Беглі народився 15 березня 1874 у Детройті, штат Мічиган. У 1891 вступив до Мічиганського сільськогосподарського коледжу (нині Мічиганський державний університет). 1895, отримавши ступінь бакалавра, почав учителювати в невеличкій школі в Гарті (Мічиган). Досвід викладання допоміг Беглі визначитися зі своїм покликанням. Він позичив гроші і вступив до аспірантури Вісконсинського університету, де в 1898 отримав ступінь магістра. В 1900 отримав ступінь доктора філософії в галузі освіти та психології в Корнельському університеті. Великий практичний досвід Беглі в галузі освіти включав адміністрування державних шкіл у кількох містах, а також роботу професором педагогіки в Університеті Іллінойсу (1908-17) та Колумбійському університеті (1917-40).

Професійна діяльність Беглі була спрямована на вдосконалення державної освіти, в основному через покращення підготовки вчителів. Автор книги «Класне керівництво» (1907), посібника для молодих вчителів, який допомагав їм оволодіти основними навичками ефективного викладання. Виступав за сувору «вертикальну»  модель управління школою, в якій директор був найвищим авторитетом у процесі прийняття рішень, а вчителі мали виконувати його накази. У той час, як директор стежить за виконанням вчителями навчальної програми, вчителі мають стежити за тим, щоб кожен учень виконував поставлене перед ним завдання.

Беглі став провідним речником «есенціалістів» - групи освітян, які виступали за європейський стиль навчання, що передбачав сувору навчальну програму з традиційних предметів. Вважав, що мова і математичні навички є основними компонентами, на яких має зосереджуватися освіта, тому будь-яка навчальна програма має бути побудована навколо цих двох предметів. Був прихильником рівності в освітніх можливостях і рішуче виступав проти їх обмежень на підставі результатів інтелектуальних тестів.

У книгах «Освіта, злочинність і соціальний прогрес» (1931) та «Освіта і нова людина» (1934) представив свій погляд на світ, у якому вчителі займають найвищий рівень у суспільстві. Його бачення майбутнього було ідеалістичним: світ добре освічених людей, де не існує злочинності і де всі громадяни насолоджуються здоровим життям. Ключем до такого суспільства, на думку Беглі, була освіта.

Засновник  та/або редактор кількох педагогічних журналів: «Inter-Mountain Educator», «Journal of Educational Psychology», «School and Home Education» та ін.

Помер 1 липня 1946 у Нью-Йорку.